Como periodista y político, Fernando Villavicencio siempre estuvo en la palestra por el sinnúmero de denuncias de casos de corrupción hasta la narcopolítica. Había investigado más de 260 casos, por los cuales recibió amenazas, juicios e incluso tuvo que salir del país. Un día antes de su asesinato hizo una denuncia sobre la extracción de crudo en el Bloque 61-Campo Auca. Y días antes dijo que había recibido amenazas de alias “Fito”, líder de Los Choneros.
El excandidato presidencial, quien fue atacado por sicarios al salir de un mitin político en Quito, impulsó investigaciones que tocaron las más altas fibras de los últimos tres gobiernos.
El caso ‘Arroz Verde’ provocó que la justicia ecuatoriana condene a Rafael Correa a ocho años de prisión y la pérdida de sus derechos políticos. Luego vino el turno de Lenín Moreno y su familia, vinculados con una empresa offshore, según la Fiscalía que denominó el caso como Sinohydro. Este último proceso se desprendió de la investigación periodística Ina Papers, desarrollada por Villavicencio y Christian Zurita
Así mismo, el exlegislador había obtenido el informe policial “León de Troya”, una investigación que relaciona la mafia albanesa con Rubén Chérrez, quien era íntimo amigo de Danilo Carrera, cuñado del presidente Guillermo Lasso.
La primera investigación y posterior denuncia que presentó Villavicencio fue el llamado caso Palo Azul, donde se revelaba “un millonario perjuicio al país por la multinacional Petrobras, operadora del contrato del Bloque 18 y del campo Palo Azul”
Villavicencio fue parte de una comisión técnica, conformada por el entonces ministro de Energía, Alberto Acosta, para investigar las condiciones de un presunto fraude técnico en la calificación de “unificado” del campo Palo Azul e irregularidades en la cesión de derechos contractuales. Según la comisión, la pérdida para el Estado era de USD 2000 millones, y se recomendó la caducidad contractual y el inicio de acciones penales. Pero Correa prefirió aceptar el reclamo del entonces presidente brasileño Lula Da Silva. El tema quedó ahí, pero Fernando Villavicencio fue enjuiciado penalmente por publicar sus denuncias en el libro Ecuador, peaje global, donde se detallaba documentadamente el caso. La Asamblea Constituyente le otorgó amnistía por esa demanda.
Tras este evento comienza la persecución de la justicia correista, es acusado varias veces, exiliado, condenado a prisión y a indemnizar al entonces presidente de la república.
Con Información de Plan V